海绵简单的身体构造掩饰了它们基因组的复杂性，其基因组包含各种在更复杂动物的身体成形中所涉及的转录因子，如“两侧对称动物”(前后侧明显不同的动物)的“触角足”类基因，其中包括Hox、ParaHox 和NK。

“寻常海绵”Amphimedon queenslandica的基因组包含一簇紧密的NK基因，但没有Hox或ParaHox基因。这导致以下假说：Hox和ParaHox基因是在海绵从导致“刺胞动物”(水母、海葵和其他)和“两侧对称动物”出现的类别分化出来之后才形成的。然而，对海绵基因组的整体结构所做的研究表明，Hox和ParaHox也许曾经存在过、但后来消失了，这就是所谓的“幽灵位点”假说。

Maja Adamska及同事研究了两种“钙质海绵”(与“寻常海绵”不同的一个类别)的基因组，发现虽然NK基因没有成簇，但至少有一个ParaHox 基因 (Cdx)。这个发现为“幽灵位点”假说增加了说服力，也说明需要对很多不同海绵类别的基因组进行研究，以便对先祖动物的“触角足”基因有更全面的认识。